Zaměstnavatel je v rámci sjednané délky týdenní pracovní doby povinen rozvrhnout pracovní dobu, tj. vytvořit rozpis směn kdy je zaměstnanec povinen vykonávat práci a rovněž i délku směn. Dále je zaměstnavatel povinen určit i přesný začátek a konec směn (jde o tzv. pevné rozvržení pracovní doby), aby bylo zřejmé odkdy do kdy má zaměstnanec povinnost pracovat v rámci směny a aby bylo dále zřejmé, odkdy by se již jednalo o práci přesčasovou práci.

Rozvržení pracovní doby je zcela v kompetenci zaměstnavatele a vychází logicky především z provozních potřeb zaměstnavatele. Zaměstnavatel však musí při stanovení organizace práce přihlížet k otázkám bezpečné a zdraví neohrožující práce a dodržovat zákonné úpravy při organizaci práce. Zaměstnanec je pak povinen být v okamžiku a začátku směny na pracovišti, aby od zahájení pracovní doby mohl okamžitě začít pracovat. Stejně tak i v případě konce směny je povinen vykonávat práci až do konce pracovní doby. Pokud zaměstnanec při výkonu práce musí užívat ochranné prostředky (pracovní oděv, bezpečnostní prvky či ochranné pomůcky), je povinen tyto prostředky a pomůcky používat a mít je ve chvíli zahájení směny již na sobě či u sebe. Doba převlékání se do pracovní doby nezapočítává (pokud toto není ve vnitřním předpise či Kolektivní smlouvě sjednáno). Zaměstnavatel na druhou stranu nemůže a nesmí po zaměstnanci chtít, aby byl zaměstnanec na svém pracovišti před zahájením pracovní doby anebo na něm setrvával po jejím skončení. Například z důvodu předávání směn.

Odpovědnost za kontrolu zaměstnanců mají jejich nadřízení a ti by měli dohlédnout na to, zda zaměstnanci dodržují řádně pracovní dobu. Tato kontrola nemůže být nahrazena tím, že zaměstnavatel rozšíří povinnosti zaměstnance nad rámec ustanovení zákoníku práce tím, že ho omezí v době jeho volna.

Toto platí i o elektronických či mechanických systémech evidence pracovní doby (většinou na vrátnicích či vstupech do konkrétních hal v areálu firmy). Jestliže tyto systémy nejsou umístěny přímo na pracovišti zaměstnance, nejsou a nemohou údaje z těchto zařízeních a systémů být přesnou evidencí odpracované doby, ale jsou pouze evidencí přítomnosti zaměstnanců v areálu zaměstnavatele. I v tomto případě platí, že na základě takovéto evidence nemůže být například krácena délka odpracované doby, např. tím, že zaměstnavatel určí, že nejzazší doba pro označení v této evidenci je 5 minut před zahájení pracovní doby a tím zaměstnance krátí o údajně neodpracovanou dobu. Stejně tak i v případě odchodu zaměstnance po ukončení pracovní doby. V této souvislosti je potřeba ještě uvést, že v případě, že zaměstnanec se dostaví na pracoviště později a s vědomím zaměstnavatele začne vykonávat práci např. 5 minut pro zahájení pracovní doby (z důvodu, že zaspal apod.) je rovněž nepřípustné, aby zaměstnavatel po takovémto zaměstnanci požadoval napracování delší doby než oněch 5 zameškaných minut. A to ani s odvoláním na automatické krácení v elektronickém systému či třeba ve vnitřní směrnici zaměstnavatele. V takovém případě by totiž mělo být zaměstnanci zabráněno práci vykonávat ihned po příchodu na pracoviště a ten by měl vyčkat na začátek pracovní doby, o kterou je mu pracovní doby krácena. Zaměstnanec je povinen si napracovat jen skutečně zameškanou pracovní dobu.